Основное функциональное предназначение системы ЕГАИС заключается в обеспечении информационно-технологической поддержки задач, закреплённых в Федеральном законе № 171-ФЗ от 22 ноября 1999 года «О государственном регулировании производства и оборота этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции»
Согласно утверждениям производителя, ЕГАИС позволяет:
- обеспечивать полноту и достоверность учёта производства и оборота этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции; с возможностью детализации до субъекта РФ, производителя, вида, наименования продукции, крепкости, объёма, правильности начисления акциза;
- обеспечивать ведение учёта импорта спирта и алкогольной продукции с контролем правильности начисления акциза;
- обеспечивать учёт федеральных специальных марок и акцизных марок;
- производить анализ состояния и тенденций развития производства и оборота этилового спирта и алкогольной продукции на территории РФ и её регионов;
- затруднить сбыт контрафактной продукции за счёт проверки сопроводительных документов, удостоверяющих законность производства и оборота этилового спирта и алкогольной продукции.